如果将这个海上发生的火灾事故定性为共同海损的，那么可以先确定是不是满足共同海损的下列条件：

1、船舶在航行中行将受到危险或已遭遇海难，情况急迫，船长为维护船货安全而必须采取措施。

2、海难与危险必须是真实的而不是推测的。

3、共同海损行为一定是人为的、故意的。

4、损失和开支必须是特殊的。例如船舶顶强风开船，机器因超过负荷受损，不属于共同海损;而若船已搁浅，为脱浅而使机器超过负荷受损，则属于共同海损。

5、所采取的共同海损行为必须合理。

6、为了共同的而不是船方或某一货主货物单独的安全。

7、属于共同海损后果直接造成的损失。例如引海水灭火，凡有烧痕等的货物再被海水浸坏不算共同海损，原来完好而被海水浸坏的货物的损失应计入共同海损。

8、共同海损行为原则上应由船长指挥，但在意外情况下，例如船长病重、被俘，由其他人甚至敌国船长指挥，符合上述7个条件，也算共同海损。

而且，对于这种问题，当事人可就共同海损的纠纷，双方协议委托理算机构理算，也可以直接向海事法院提起诉讼。海事法院受理还没经理算的共同海损纠纷，可以委托理算机构理算，所以，你在理算方面可以暂且不用担心。

以上就是货物在海上发生火灾被毁,事后船公司说是共同海损怎么确定的详细介绍，不过，你现在是对船公司认定的共同海损持有异议，那你可以选择跟对方协商确定共同海损。要是跟船公司协商不成的，因为共同海损问题去起诉的，为确保争取权益，可以根据相关的法律法规进行诉讼。如果您的情况比较复杂，网也提供律师在线咨询服务，欢迎您进行法律咨询。