(一)计价规范本身的缺陷，阻碍工程量清单招标的发展。由于《建设工程工程量清单计价规范》过于笼统和门类不全，客观上存在许多不完善之处，所涉及的清单项目与工程实际情况还有一定差距，一旦实施，问题必将会暴露出来，不利于工程量清单招标的顺利进行。

(二)相关配套体系未完全建立，影响工程量清单招标的顺利实施。工程量清单计价作为一项新举措，它的实施需要市场多方面的配套，而目前建立的相关配套体系在很多方面存在差距，可能会给清单招标设置障碍。

(三)市场准备不足，企业内部管理水平不高。实行工程量清单招标，对于许多业主和施工企业来说，还从未涉足过，它们对应承担的风险也心中无数。市场准备不充分不仅反映在施工企业、业主身上，而且部分建设行政主管部门和招标代理机构或多或少都有些茫然。很多施工企业在管理上还不适应工程量清单招标的要求，平时疏于资料的积累，没有建立内部定额，因此无法准确了解企业的成本，投标报价变成无的放矢。

(四)急需开工建设的政府投资工程实施比较困难。工程量清单招标对于工期紧且必须马上开工的政府投资工程，很难在短时间内编制出高质量的工程量清单，甚至图纸不齐，无法编制，或是建设过程中变更过多，失去了用此办法招标的实际意义。

(五)政府投资项目未实行业主支付担保，易导致工程款拖欠。在当前建设单位拖欠施工企业工程款现象比较严重的情况下,我市目前已在房地产开发项目实行履约担保和业主全额支付担保,而政府投资工程还未实行业主支付担保。对于采用工程量清单招标的政府投资工程，一但发生工程款拖欠而又无制约措施，极易损害施工企业的利益，给施工企业带来经营上的困难，不利于其发展。