一、产权归属及权利瑕疵问题

因受"文革"等政治因素影响，不少四合院在产权方面存在一定历史遗留问题。此外，旧城改造等政府宏观政策也使四合院的产权取得变得更加复杂。

据有关方面调查，没有产权的四合院在95％以上，占绝大多数。但根据有关法律，出售房产的前提条件是对标的房屋拥有所有权且产权清晰，不存在被抵押等权利瑕疵问题。因此，建议购房者在购买四合院时应特别慎重，首先可委托律师或其它专业人员前往房管部门对标的房屋的权属情况及产权清晰程度进行全面调查。在确认标的房屋不存在任何主体问题时再继续其它交易流程，并尽量避免在确认前支付定金等任何费用。

在律师实践中，常遇到这样的案例。如有卖家称其四合院在“文革”期间占有且产权归属明晰，但买方在购买后才发现该房实际属于房管局直管公房，卖方仅有使用权。如这时定金或房款已付，哪怕只很少部分，也是十分被动和不利的。产权关系复杂也是四合院产权的另一大特点。实践中常遇到几个共有人，如一家庭中的若干子女在四合院卖与不卖或卖价上有分歧，眼看要签约了，卖方中却有一人突然提出异议，并拒绝在共有人同意出让协议上签字，该笔交易只能流产。因此，建议购房者首先解决房产共有人是否一致同意出让问题，并签订书面同意书。另外，继承关系与房产买卖关系在四合院的交易过程中经常交织纠缠在一起，由此更增加了四合院产权关系的复杂性

二、购房者的主体资格问题

尽管新政策对四合院买方的主体资格不再限制，北京人、外地人、港澳台胞、外籍人士以及机关、企事业单位、社会组织均可购买四合院，但也应注意法条中的“除外条款”。

受我国行政法规和国家法律等强制性规定的影响，四合院交易在个别特殊情况下将某些主体排除在外。如根据1983年12月7日国务院发布的城市私有房屋管理条例第十三条，“机关、团体、部队、企业事业单位不得购买或变相购买城市私有房屋。如因特殊需要必须购买，须经县以上人民政府批准。”根据中华人民共和国文物保护法第二十五条，“非国有不可移动文物不得转让、抵押给外国人”。依照我国合同法，主体不合格可能导致购买合同无效的法律后果。因此，购买者对该问题应特别加以注意?另外，从购买程序上看，境外人购买四合院需经北京市涉外建设项目国家安全事项涉外审查办公室的审批。某些特殊地段还不允许境外人购买，一些敏感地带的四合院还必须通过政治审查。

三、翻建、规划及拆迁等问题

因四合院交易涉及文物保护等问题，在交易中应特别注意落实政府公布的四合院保护和修缮责任。例如，尽管购买的四合院可以翻建，但不能超出限高范围，不能随意拆毁改建别墅或门面房，甚至违反国家规划。因此，在交易中如发现有四合院加盖行为，一定要意识到该行为是否经规划部门审批，是否违反规划。购买违规改造的房产会面临诸多棘手问题，给购房者带来一些不必要的麻烦。