农村合作医疗网上交费方式如下：

1、支付宝交费，在市民中心，找到所在的城市，在详情页选择社保，如有开通社保缴费的，根据页面提示进行操作。

2、微信缴费，搜索城市服务，定位到所在城市，在常用服务中会提供社保缴费的小程序，点击打开根据页面提示操作即可。

3、还可以通过当地官网公布的人社APP，或者登陆当地人社官网扫码下载，注册登陆后，选择农村合作医疗也就是城乡居民医保缴费，根据提示操作缴费即可。