首先，合伙人之间的关系不同。普通合伙中的合伙人对合伙事务享有平等的权力，都有权对内行使经营管理权，对外代表合伙人从事交易活动，这种合伙，是建立在合伙人之间的高度信任基础之上的一种对人关系的合伙，是所有合伙人相互选择的结果。全体合伙人以共同出资为前提，无论出资额多少，承担同样的风险。而有限合伙的业务执行权，专属于承担无限责任的普通合伙人，他们是资金的管理者，有权决定合伙的对内管理、对外经营一切事务，有限合伙人为一般投资人，不得执行合伙事务。

第二，出资方式上的差别。普通合伙由合伙人共同出资，共同经营。对于出资方式，当今世界各国具体规定各不相同，但一般都认为出资的方式可以是货币和其他财产(包括非物质性财产)。我国现行法律也允许合伙人以货币、实物、土地使用权、知识产权或其他财产权利出资，经全体合伙人同意，还可采用劳务出资的方式。而有限合伙由于承担有限责任的合伙人无权执行合伙业务，也无权对外代表合伙进行经营，故只能以货币或其他物质性财产出资，劳务出资与信用出资则不被允许。

第三，退伙程序的不同。普通合伙中的合伙人退伙原因通常基于以下三点，即声明退伙、法定退伙和开除退伙。其中法定退伙是指基于发生了法律明文规定的法律事实，合伙人丧失了合伙中的身份，例如合伙人死亡，其继承人经全体合伙人决议，一致同意其合伙人的地位，这种情况是入伙而非继承，若其他合伙人不同意则不可入伙。在有限合伙中，普通合伙人的退伙同前所述，而有限合伙人退伙原因仅基于自愿或决议两种情况，不存在法定退伙。合伙人死亡，其继承人可以概括继承其在合伙中的出资(权利义务)而不需经其他合伙人一致同意。此外，合伙份额的转让同样不需经他人同意。

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