首先，适用范围不同。保付制度仅适用于支票;而承兑制度则仅适用于汇票。

其次，适用的前提不同。支票的保付以持票人与付款人之间存在资金关系或有关支票的特殊合同关系为前提，台湾票据法规定，付款人超过出票人存款或信用契约所约定之数额而为保付者，应科以罚款。《联合国国际支票公约草案》第三条规定：对备付资金不足所开出的支票，其本身仍为有效;汇票的承兑则不以存在资金关系为前提。

再次，是否受提示期间限制及提示时间不同。在这个问题上，各国法律有不同的规定。美国和台湾对保付支票的提示时间不作限制，即使法律规定的付款提示期限已过，持票人仍得提示付款。但日本支票法对此规定则很严格，认为超过提示期限持票人就自负责任，但其提示期间为一年;汇票的承兑，一般都受提示期间的限制。我国《票据法》规定，见票即付汇票，自出票日起1个月内向付款人提示付款。定日付款、出票后定日付款或见票后定日付款的汇票，持票人自到期日10日内向承兑人提示付款;台湾《票据法》则规定，经承兑的汇票于到期日或其后二日内，为付款提示，否则丧失对前手的追所权。

第四，票据行为效力不同，支票的保付是负担行为，支票经保付后付款人成为绝对付款义务人，从而可以使出票人和其他票据债务人全部免责，但是日本支票法却没有此免责效力的规定;而汇票的承兑不能产生免责效力，承兑人到期拒绝付款时，持票人可对其所有前手行使追索权。

最后，票据丧失后的救济手段不同。台湾票据法认为，经保付的支票在一定意义上具有与货币相同的性质，一旦遗失，持票人不能挂失止付，只能依公示摧告程序申请法院作出除权判决;而经承兑的汇票遗失后，可以为止付之通知。

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