在 买卖合同关系中，买方持有卖方出具的发票，但无其他证据证实已付款的事实。卖方未提出有效证据证明付款事实不存在。

法律分析：
首先我们认识到，鉴于我们的认识手段和认识能力的局限性，在每个诉讼中均可能发生当事人对案件真实过程的阐述不能达到使法官获得自由心证的情况。但法官不可能因对客观事实问题怀有疑问而使法律事实真伪不明。
关于法律事实，这里存在两个相反的观点：
观点一：买方持有发票，在诉讼中处于优势证据地位，卖方没有举出有效证据证明付款事实不存在，因此可认定付款事实存在。
观点二：发票仅仅是完税凭证，不是付款凭证，不能证明付款的事实，买方付款后应当索取并持有收据，以证明收款方已收取该款项。故买方仅仅依据发票主张已付款的理由不能成立。

小编同意观点二。
观点一提到卖方没有提供强有力的未付款证据，消极事实本身难以证明，将消极事实的举证责任分配给卖方过于苛责。
观点二的论述重点是发票不是付款凭证。
发票分为普通发票和增值税专用发票。关于普通发票，《买卖合同司法解释》第八条第二款规定，合同约定或者当事人之间习惯以普通发票作为付款凭证的，买受人以普通发票证明已履行付款义务的，人民法院应予支持，但有相反证据足以推翻的除外。这里看出，普通发票不等同于付款凭证，仅在两种情况下且无相反证据推翻才可作为付款凭证。关于增值税专用发票，《买卖合同司法解释》显然将增值税专用发票和普通发票在买卖合同中的地位予以区别对待，未提及其可作为付款凭证的情形，另《买卖合同司法解释》第八条第一款规定，出卖人仅以增值税专用发票及税款抵扣资料证明其已履行交付标的物义务，买受人不认可的，出卖人应当提供其他证据证明交付标的物的事实。上述规定可看出，增值税专用发票不能必然证明卖方已交付标的物，根据付款一般不会早于标的物交付的交易习惯，增值税专用发票也不能必然证明买方已经付款。
实务建议：
给买方的建议：付款采用转账的方式，尽量避免用现金，付款后让卖方写个收据。
给卖方的建议：最好是先付款后开发票，若需要先开发票后申请付款，在合同中当中写明先开票，若可能买方实在强势，不愿意在合同中写明先开票，在发票后注明，要求买方见票后付款至指定账户。