国际税收管辖权的冲突主要有积极冲突和消极冲突两种，前者是指两个或两个以上国家都对某一商务行使管辖权，后者则是指各国都不行使管辖权的情况。一个国家对国际货物贸易和服务贸易采取什么原则征税，取决于该国法律所规定的税收管辖权基础。发达国家要求扩大居民税收管辖权，限制其他国家来源地税收管辖权的实施范围。发展中国家则从维护本国经济利益出发，要求扩大本国的来源地税收管辖权。但总体看来，所得来源地管辖权优先原则为各国所认同。出现电子商务后，“来源地”的判定发生了争议。美国财政部1996年11月发表的《全球电子商务选择性的税收政策》一文公开表明其态度，其政策取向就是要加强居民税收管辖权而不是来源地税收管辖权，来源地税收管辖权不会被抛弃，但可能会大大削弱，这势必激起发展中国家的不满，造成税收管辖权的冲突。

另一方面，有关服务发生地通常是根据始发地标准、非纯粹始发地标准以及服务提供地标准等进行确定的，其中最后一种标准主要针对的是培训、教育、文化、娱乐和体育节目等。如果通过网络提供专项，那么税收管辖地又该如何认定呢?电子商务的发展，各国管辖权基础的歧异，国与国之间税收管辖权的潜在冲突会进一步加剧。若不积极采取国际协调措施，各国对电子商务收益的争夺将日趋激烈，税收管辖权的冲突的加剧将会影响到电子商务的发展。

2.“常设机构”的确定问题

常设机构是国际税收管辖权的一个重要的连接因素，OECD范本和联合国范本都规定，如果一个非居民在一国设有常设机构，并且通过常设机构从事经营活动取得所得，那么，该国就可以认定其所得是来源于本国，可以按来源地税收管辖权征税。在电子商务中，传统的管理中心地、营业中心地、常设机构等基本概念都变得模糊不清，很难确定。而且，Internet的出现，使得企业无需在国外建立常设机构，便能在国际市场上进行交易。作为确定服务提供地重要因素的“常设机构”的概念，由于商品或服务通过Internet联机提供而渐渐失去意义。许多国家的国内商人通过Internet购买外国商品和服务，外国销售商并没有在该国“登场”。按照传统的常设机构标准，并不能认定外国销售商在该国有常设机构，因而不能对外国销售商在本国的销售和经营活动征税。

3.“交易地”的确定问题

网络的全球性和不可视性，使电子商务的活动者之间具有不可知性和不确定性。作为用户身份证实的注册要求只是最低的要求，Internet上安排一个不可追踪的网点易如反掌，这就使.Internet网址与供货履行或消费活动实际发生的位置之间的联系相当微妙。虽然网址可以使你知道(SPDInternetServiceProvider)是谁，但他决不会让你知道任何连接在Internet网址上的那台计算机的情况，甚至也不会知道那个机器所处的位置。在这种情况下，税务机构难以对交易进行追踪，无法确定交易所在地和发生地，给税收管辖权的行使造成一定的困难。尤其对关税而言，这一网上交易是否跨越了国境，无从得知。即使税收当局知道是一跨国交易，也可能因为无法确定交易者的身份，而无从征收关税。

4.国际避税和反避税问题

国际避税是指跨国纳税人在不违反税法的前提下，通过人和资财的国际移动，以谋求最大限度地减轻税收负担的行为。电子商务的出现对纳税人服从税法产生影响，为纳税人避税提供了有利的条件，有可能带来黑色经济的机会。电子商务的黑色经济手段是高科技的，其结果是隐蔽的。在Internet上，交易是无形的，交易与匿名支付系统联接，没有有形的合同，其过程和结果不会留下痕迹作为审计线索，使确定纳税人的身份或交易的细节变得十分困难。没有明确的纳税人或交易数字，很难保证以追求利润最大化的商事交易者遵守税法。Internet为国际避税行为提供了更好的外部环境，特别是对跨国公司而言，Internet的应用使得对跨国公司内部价格转移的监管、控制变得更加困难，网络的发展促进了跨国集团内部功能的完善和一体化，操纵转让定价，转移利润，从事国际税收筹划更得心应手，利用国际避税地避税、偷税的机会与日俱增，如国际避税地安提瓜已在Internet上建立了网址，并宣布可向使用者提供“税收保护”。因此，电子商务条件下的避税和反避税的斗争将更加激烈。