鉴定意见书尽管不是最终的结论，但是其关系到当事人的切身利益，对案件的处理结果有较大影响。鉴定意见书在法理上可以说是一种专家意见书，其鉴定意见通常和鉴定人的技术水平，鉴定设备鉴定标本有着直接的关系，任何一个环节的问题具有可能导致结果的不同，甚至错误。即使程序上合法、公正的鉴定意见当事人也可能会存在争议，因此最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》规定当事人有证据证明鉴定结论有问题的，可以申请重新鉴定。

两份鉴定意见的鉴定机构均具备合法的鉴定资质，鉴定的程序合法，鉴定的内容也完备。但是鉴定意见却完全不同，那么哪一份鉴定意见书证明力更高，法院应该采信哪一份鉴定意见书呢?关于鉴定意见之间的效力问题，法律没有明确的规定，《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》也仅仅对司法鉴定人员的管理，鉴定机构的设置，以及司法鉴定机构的运行管理制度作出规定，但是对各个鉴定机构之间的关系，鉴定机构鉴定的地域范围，以及鉴定意见的效力等级，未做规定。

在庭审中经常会出现不同的鉴定意见的情现象，法官认定的时候往往是根据案件的案情，以及经验对鉴定意见书作出认定。主要考虑有以下几点：

1、鉴定意见书的来源，是不是由法院委托的，法院委托鉴定机构作出的鉴定意见优先于其他来源的鉴定意见。主要原因有，目前鉴定意见的来源主要有，自行委托鉴定、交警部门委托鉴定、法院委托鉴定，自行委托鉴定和交警部门委托鉴定的一般称为鉴定意见书而非司法鉴定意见书，而且其在鉴定机构的选择通常也没有征得被告方的同意，被告方往往以不知道、单方委托，不公正，鉴定机构偏向委托人作出有利于委托的人鉴定意见为由，不认可这些鉴定意见。因此其在证明力上较法院委托的司法鉴定较低，法院委托鉴定通常需要征询双方的意见，协商确定鉴定机构，协商不成的通常采取抽签摇号的方式确定鉴定机构，并且会形成笔录，记录在卷，程序上公开公正，双方当事人均较为信服。

2、鉴定资质较高的鉴定机构出具的鉴定意见效力优先于其他鉴定意见。因为，尽管鉴定机构没有等级效力之分，但是鉴定机构的鉴定设备，鉴定技术，鉴定人的鉴定经验往往较之其他鉴定机构的鉴定意见更能反映事情的原貌。

3、鉴定意见书详实、客观、鉴定意见理由充分的优先其他鉴定意见书。鉴定意见书，是鉴定人对该专业领域的专门问题向司法机关提供的结论意见，是鉴定人在观察、检验、分析等科学技术活动上得出的主观结论，是一种意见证据。是否采纳该鉴定意见，鉴定人对送检材料的充分了解，检验过程科学合理、先进，分析意见充分详细，那么该鉴定意见则更能说服法官采信该意见。

对于你提出的“两份司法鉴定结论不一致,法院如何认定”问题，司法鉴定两份结论不一样的话，那么就看是不是法院委托的，哟啊汗死不是的话，那么就选择另一个司法鉴定结果，要是一样的，以鉴定资质高的为准。你可以咨询律聊网的律师。