企业在取得运输发票进行抵扣时应注意以下内容：

一、票据的审核

1、开票主体合法

2、票据须税控机打发票

3、盖章合格

4、货运发票，应当分别注明运费和杂费，如未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。

二、抵扣增值税资料的申报

1、申报时间：发票开具日90天后的第一个纳税申报期结束以前申报抵扣。

2、申报资料：报送纸质《增值税运输发票抵扣清单》和《增值税运输发票抵扣清单》的电子信息。未报送的不予抵扣。

3、填写内容不完整、信息录入有错或比对不符(2003年12月1日起，国家税务局将对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对)，一律不予抵扣。