按照法律及司法解释的规定，证据一旦被认定为非法证据，就应当排除，不能作为起诉意见、起诉决定和判决的依据。

下面主要围绕如何发现非法证据、如何申请排除非法证据、非法证据的证明责任、申请非法证据的后果等问题展开。

根据二高三部《关于办理刑事案件严格排除非法证据若干问题的规定》第二十条，犯罪嫌疑人、被告人及其辩护人申请排除非法证据，应当提供涉嫌非法取证的人员、时间、地点、方式、内容等相关线索。即申请排非时，犯罪嫌疑人、被告人及其辩护人要承担提供非法取证线索的责任，如果不能提供相关非法取证的线索，司法机关不会受理。

当事人作为事件的亲历者，对于整个取证过程是最清楚的。所以，在会见时，务必要向当事人说清楚，什么是非法证据，侦查人员或其他司法人员有没有对其采取刑讯逼供等方式非法取证？如果有，能不能提供包括人员、时间、地点、方式、内容等线索。还要告知他如何申请排除非法证据，一旦更换人员或更换阶段，要及时向新的侦查人员或检察官反映非法证据的线索。

在会见中了解到嫌疑人、被告人被刑讯逼供，应该及时制作笔录，或者要求当事人自行书写笔录。事后向司法机关提交非法证据排除申请书，附上会见笔录或当事人的自书笔录，即可启动非法证据的控告和排除程序。检察机关收到嫌疑人、辩护人的非法证据排除申请后，应当及时核实，经审查认定的非法证据，应当排除。排除后的非法证据，不得作为逮捕、起诉的根据。 申请非法证据可在整个刑事诉讼程序中提出。在侦查、审查起诉、审判各个阶段以及再审期间发现非法证据，犯罪嫌疑人及其辩护人可以向检察院、法院申请非法证据排除；向法院申请非法证据排除的，应当在开庭前提出。但是开庭期间发现非法证据线索的除外。

根据《关于办理刑事案件严格排除非法证据若干问题的规定》第三十四条，经法庭审理，确认存在以非法方法收集证据情形的，对有关证据应当予以排除。法庭根据相关线索或材料对证据收集的合法性有疑问，而检察院未提供证据或提供的证据不能证明证据收集的合法性，不能排除存在非法收集证据情形的，对有关证据予以排除。

显然，排除非法证据的程序启动后，应该由公诉人对证据收集的合法性加以证明。公诉人可以通过讯问笔录、提讯登记、体检记录、采取强制措施或侦查措施的法律文书、侦查终结前对讯问合法性的核查材料、以及有针对性地播放讯问录音录像、通知侦查人员或其他人出庭说明情况。公诉人出示的证明取证合法性的证据要达到确实充分的标准，没有排除合理怀疑的，应认定为非法证据，依法应予以排除。

法庭非法证据调查结束后，相关证据是不是非法证据？法庭应当庭作出是否排除有关证据的决定，必要时可以休庭，由合议庭评议或审委会讨论决定，在法庭作出是否排除有关证据前，相关的证据不得在法庭出示，宣读，不得进行质证。经法庭审理确认相关证据为非法证据的，对相关证据予以排除。相关证据排除后，该证据不得宣读、质证，不得作为定案的根据。