国务院证券管理部门如发现已作出的批准不符合公司法规定的，应予撤销，尚未发行公司债券，停止发行;已经发行公司债券的，发行的公司应当向认购人退还所缴款项并加算银行同期存款利息。这一规定保护了债券投资人的利益，但由此造成的公司损失的解决有可能引起公司与证券管理部门之间的争议甚至诉讼。

未经《公司法》规定的有关主管部门的批准，擅自发行公司债券的，责令停止发行，退还所募资金及其利息，处以非法所募资金金额1%以上5%以下的罚款。构成犯罪的，依法追究刑事责任(见《公司法》第210条)。

另外，依照《公司法》履行审批职责的有关主管部门，对符合法定条件的发行公司债券的申请，不予批准的，申请发行债券的公司可以依法申请复议或者提起行政诉讼(见《公司法》第227条)。

国务院证券管理部门对不符合《公司法》规定条件的债券发行的申请予以批准，情节严重的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分。构成犯罪的，依法追究刑事责任(见《公司法》第221条)。