在建设工程争议案件的二审过程中，一般情况下，如果一审已经经过了司法鉴定程序，一审法院经过了双方对司法鉴定意见的质证之后，没有充足的理由，不会启动二审再次司法鉴定的程序。

但是，也有一部分案件在一审并未经过司法鉴定的程序，负有举证责任的一方当事人在二审程序中提出来司法鉴定的申请。对于这种情况法院会如何处理呢？

根据《民法典》和《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》的有关规定，建筑工程争议案件二审中提出司法鉴定申请，法院一般会有以下3种处理方式：

1、不予准许二审的司法鉴定申请； 一般情况下，一审应该是双方充分展开对抗的一个阶段，二审仅是对一审判决中的错误进行纠正。负有举证责任的一方在一审不进行举证而承担责任是法律的规定，在没有大的原则错误时，二审不会再给这个机会。

2、认为确有必要进行司法鉴定的，撤销原判决，发回一审法院处理； 如果二审法院认为存在原则性问题，有通过司法鉴定以确定争议事实的必要，可以选择按照民诉法170条的规定，将案件发回一审法院，重新由一审法院处理，以保持自己二审法院审查的地位。 3、确有必要进行司法鉴定的，也可二审组织司法鉴定，查清事实之后予以改判。 如果二审法院认为存在原则性问题，有通过司法鉴定以确定争议事实的必要，但出于各种考虑不愿将案件发回一审法院重新处理，也可以在二审程序中进行司法鉴定，查清事实后改判。

有关建筑工程争议案件的二审司法鉴定，虽然从理论和法律规定上存在可能性，但在各级法院案多人少的今天，司法实践中是一个很难顺利启动的程序，因此，建筑工程案件的司法鉴定，最好还是在一审得到处理。负有举证责任的一方，无论是释明后自己未申请鉴定，或者虽申请鉴定但未支付鉴定费用，或者拒不提供相关材料，都可能会承担举证不能的法律后果。寄希望于一个不确定的程序，是一个不负责任的态度。