在建设工程合同的履行中，因办证流程、工程施工延误等影响，逾期竣工的情况偶有发生。当工程逾期竣工时，就会引起违约纠纷。此时公司作为发包人，可基于 施工合同约定的条款，向承包人主张工期逾期违约金减少损失。

但通常发包人不会主动提出违约金的诉求，而是在承包人主张工程款时提出抗辩或者反诉。而由于工程结算周期较长的原因，在司法实践中不少案件都是承包人在竣工验收后两年、三年甚至更长时间才向人民法院提起诉讼。在这种情形下，若发包人主张工期逾期及质量问题作为抗辩或提起反诉，对于发包人主张的工期逾期违约金是否会超过诉讼时效，以及是否可以使用逾期违约金与工程款进行抵销，这在司法判例中也有不同的结果。
下面我们将对逾期违约金的时效及违约金抵消工程款的问题进行解读。探讨合理主张逾期违约金及通过违约金抵消对方工程超期造成的损失，提出相关风险防范的若干建议。

一、明确工期逾期违约金的诉讼时效起算时间

“工期逾期违约金”、“工期延误违约金”、“逾期完工违约金”、“工期违约金”等均指同一含义，即因工期逾期竣工，发包人可以基于施工合同约定向承包人主张的违约金。
逾期违约金属于债权，需要发包人在法定的诉讼时效内行使权利。要避免违约金的诉讼时效超期，就要先弄清逾期违约金的诉讼时效从何时起算。在司法实践中，对于工期逾期违约金诉讼时效的起算时间存在以下两种不同的观点：
1.以工程竣工验收之日起算。这个观点的依据是：竣工验收后，工期逾期的事实即已确定和固定，发包人就可以主张工期逾期违约金。如2018湘民再446号案，湖南省高级人民法院在判决书中指出??“本案涉案工程于2011年7月12日竣工验收，此时万联公司应当知道衡洲公司逾期完工的事实，其应当自竣工验收日起两年内主张逾期完工的违约金。万联公司没有证据证明该两年内发生诉讼时效中止或中断的事由，其于2017年5月25日才向一审法院提起反诉要求衡洲公司支付逾期完工违约金，已经超过诉讼时效。”
2.未明确具体起算时间，但是，如未完成竣工结算，则认定未超过诉讼时效（有观点直接认为是以竣工结算之日起算）。此观点的依据是：
（1）工期逾期违约金作为索赔事项，应当在竣工结算中一并核定处理，如未完成结算，则未超过诉讼时效。如（2017）豫民申3041号案，河南省高级人民法院认为，“本案系建设工程施工合同纠纷，合同约定的工程款尚未结算完毕，也未就工期违约金及备案违约金进行协商和处理，故鼎和公司违约金的诉请未超诉讼时效期间。”（2012年竣工验收，2016年起诉）
（2）施工合同约定，工期逾期违约金以结算金额的一定比例计算，如未完成结算，则违约金金额无法确定。如（2015）浙嘉民终字第579号案，嘉兴市中级人民法院认为，“合同约定工期延误的，承包人承担每误期一天支付总结算造价的万分之二的违约金。而竣工验收合格时，涉案工程的总结算造价并未确定，导致工期延误违约金无法确定，春晓公司亦无法主张违约金。”（2009年竣工验收，2012年起诉）
（3）施工合同约定，违约金可以在工程款中予以扣除，如未完成结算，则未超过诉讼时效。
对于诉讼时效的上述两种观点，笔者倾向于按照第一种观点进行维权，即以竣工验收之日起算，理由如下：
（1）发包人的工期逾期违约金请求权与承包人的工程价款请求权是相互独立的，应当各自独立起算诉讼时效。
承包人的工程价款请求权，是基于发包人违反施工合同约定的付款期限而产生的，如发包人未按时按期支付价款，承包人就可以主张。而发包人的工期逾期违约金，则是基于承包人逾期竣工、迟延交付合格的建设工程而产生的，应当自逾期竣工以后才可以主张，并且该项主张具有独立的给付请求内容，具备“诉”的全部条件，属于独立的诉。如发包人不提起反诉，同样可以另行提起诉讼，因此是完全独立的诉，其与承包人的工程价款请求权的诉讼时效各自独立起算。
（2）根据《民法总则》第188条第二款规定：“诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。”在工程竣工验收后，是否存在工期逾期及逾期原因、逾期天数等事实均已固定和确定，可以认定发包人“知道或者应当知道权利受到损害”，其基于合同债权被侵害而产生的工期逾期违约金请求权已经产生，应当在工程竣工后马上向承包人提出违约金赔偿的诉求，以避免诉讼时效超期的风险。

二、发生工程逾期后，发包人在结算完成前应书面向承包人提出违约金的主张

在司法实践中，在未完成结算的情况下发包人拒付工程款，且明确提出与工期逾期违约金相关的抗辩及相应证据，法院会认定为诉讼时效中断。如未及时提出抗辩及相应证据，则会认定没有发生诉讼中断或中止的情形，发包人主张工期逾期违约金诉讼时效仍然自竣工验收之日起算。因此，在出现建设工程逾期完工的情况时，公司作为发包人应该第一时间向承包人致函，通过书面文件向对方主张逾期交付的违约金主张。

三、以工期逾期违约金抵销工程款

当工期逾期违约金超过诉讼时效后，发包人还可以提出以逾期违约金抵消工程款的主张。虽然已超过诉讼时效，但根据《合同法》第99条规定，工期逾期违约金仍可以与工程款进行。
超过诉讼时效的债权能否用于债权抵消，这主要涉及理论和实践中的一个争议问题，即超过诉讼时效的债权能否行使法定抵销权。我国《合同法》第99条规定，“当事人互负到期债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的债务抵销，但依照法律规定或者按照合同性质不得抵销的除外。”该条款对此并未做明确规定，实践中存在“肯定说”和“否定说”两种不同观点。
对于超期债权能否抵消的分歧，最高人民法院在2019年第4期公报案例“厦门源昌房地产开发有限公司与海南悦信集团有限公司委托合同纠纷案”中提出以下裁判观点：“双方债务均已到期属于法定抵销权形成的积极条件之一。该条件不仅意味着双方债务均已届至履行期，同时还要求双方债务各自从履行期届至到诉讼时效期间届满的时间段，应当存在重合的部分。在上述时间段的重合部分，双方债权均处于没有时效等抗辩的可履行状态，‘双方债务均已到期’之条件即为成就，即使此后抵销权行使之时主动债权已经超过诉讼时效，亦不影响该条件的成立。因被动债权诉讼时效的抗辩可由当事人自主放弃，故在审查抵销权形成的积极条件时，当重点考察主动债权的诉讼时效，即主动债权的诉讼时效届满之前，被动债权进入履行期的，当认为满足双方债务均已到期之条件；反之则不得认定该条件已经成就。抵销权的行使不同于抵销权的形成。作为形成权，抵销权的行使不受诉讼时效的限制。我国法律并未对法定抵销权的行使设置除斥期间。在法定抵销权已经有效成立的情况下，如抵销权的行使不存在不合理迟延之情形，综合实体公平及抵销权的担保功能等因素，人民法院应认可抵销的效力。”
根据最高人民法院发布的案例可以看出，使用逾期违约金进行工程款的抵消是符合法律规定的，是公司依法维权的重要途径。

为更好的规避风险，公司作为发包人应做好以下几点：

（1）要在建设工程施工合同明确约定索赔期限条款，可参考《建设工程施工合同（示范文本）》（ＧＦ?2017?0201）第19条的约定发包人和承包人的“索赔期限”，第19.3条约定：“发包人应在知道或应当知道索赔事件发生后2天8内通过监理人向承包人提出索赔意向通知书，发包人未在前述28天内发出索赔意向通知书的，丧失要求赔付金额和（或）延长缺陷责任期的权利。”发包人主张工期逾期通常是在竣工验收以后，且不应认定发包人未在约定的索赔期限内提出而丧失索赔权利。
（2）发包人认为工期逾期需要索赔的，应当在竣工之日后、最迟在结算完成前，通过书面的方式向承包人明确提出。
（3）合理使用抵消权，通过逾期违约金金抵消工程款，加快维权效率。
综上所述，公司主张逾期违约金求偿，应当先确定违约金的诉讼时效，明确公司索赔的时间期限。其次应按照工期违约金请求权产生时（即竣工验收之日）向承包人书面提出违约金的诉求；最后对于当违约金超过诉讼时效时，还可以利用抵消权作为救济手段。通过这几种方式，依法维护公司作为发包人的合法权益。